营改增后，国税稽查部门面临全新的行业、全新的规范和全新的征管等挑战。做好对行业的提前分析、知识的提前储备、检查方式的提前更新，应是目前稽查工作的重中之重。
首先，全新的行业给稽查带来了全新的挑战，要做好行业的提前分析。
过去由于税种的交叉，国税部门对建安、房地产、金融这三个行业的企业多少有所接触，但对服务业企业的接触和了解相对来说非常少，这可能使得稽查人员很难准确抓住企业的风险点和可能存在的违规重点区域。
有些行业过去基本使用的是营业税发票，而营改增后使用增值税发票，国税稽查部门对这些行业的发票使用状况和其中可能涉及的发票违规行为，尤其是虚开发票的了解和案件接触几乎为零。
例如，过去服务业里面，劳务派遣公司一直是虚开发票的重灾区，虚开涉案几十亿元的案件也发生过多起。作为国税稽查部门，如果不做好提前分析，了解这些行业中的虚开风险点，很可能造成监管的滞后，使得这些虚开重灾区类企业虚开横行。
因此，提前做好这些行业的稽查风险评估和分析，成为重中之重。那么，如何做好分析呢？笔者认为，可以从以下几个途径来实施。
加强国地税合作。由于地税稽查部门对这些行业更加了解和熟悉，因此，加强国地税合作，邀请地税部门有经验的人员，为国税稽查人员进行行业讲解和交流，可以大大促进国税稽查人员对行业的了解。同时，可以加强联合稽查，例如在选案环节，可以共享信息，国地税稽查部门共同完善和制定稽查计划，确定营改增后哪些行业或企业可能存在违规风险点。在检查阶段，进行联合检查，国税检查人员可以听取地税检查人员对于营改增企业的检查建议，从而更好地进行检查。
对以前营业税时期就存在的虚开重点行业进行着重分析和评估。例如劳务派遣公司，营改增之后，国税稽查部门更要对这类企业重点进行监管，并做好对这类企业稽查的提前培训和预案。
对营改增后可能出现的新的违规情况进行分析。例如，过去农产品收购发票虚开，一直是增值税虚开发票中的重点领域，而随着酒店业的营改增，各类酒店由于允许自行开具农产品收购发票，这样一来，形成了新的农产品收购发票虚开领域。尤其是各类酒店企业，由于可能对增值税了解不够深入，对虚开的刑罚认识不够，有可能走上虚开农产品收购发票的违法之路。国税稽查部门对于这些营改增后可能形成的新的虚开风险点要进行认真分析，做好预案。
其次，在全新的法律法规规范下，稽查人员要做好全新的知识储备和学习。对于稽查人员来说，法规是基础，是稽查的指挥棒，不懂法规，就无从稽查，而营改增的文件可以说是完全的新知识、新法规，而且营改增文件非常多，如果不提前学习，根本不可能对营改增文件有深入的了解。
现阶段，对于营改增文件的学习，各地更多的是在征管等部门，稽查部门与这些营改增一线部门相比，由于暂时和营改增工作关联度不大，导致稽查部门无论是从领导重视还是稽查人员自身主动性上，学习营改增文件都非常不够。
营改增文件自身新、广、多的特征，决定了营改增知识的学习和储备不可能在短期完成。正因此，稽查部门更要做好营改增法规知识的储备和学习，不能等到用时方去学。
笔者建议，稽查部门可以多组织相关培训，同时，让稽查人员多参加其他部门组织的营改增培训。
最后，全新的征管方式促使稽查部门必须做好检查方式方法的提前更新。全新的征管方式产生了很多新的、过去所没有的情况，因此，稽查检查的方法也需要相应地更新与适应。
例如，营改增后，出现了异地预缴模式，对于异地预缴，国税稽查部门以前的各类检查方法可能就不再适用了。又比如，现阶段差额开票，往往会造成票表不符，而如果检查人员还按以前的票表不符的简单方法核查，就无法深入了解其中可能存在的违规情况。